北京故宮博物院於成立89年之際，在紫禁城內首次展開考古挖掘。考古與文物專家分別在包括南大庫、慈寧花園等三處工地發現古代建築基址遺跡，目前正在持續進行發掘，為故宮建築群創建初始情況提供更深厚的研究基礎。
在南大庫考古發掘現場，專家發現了地下建築基址。首先是發現排水溝，接著又發現2.5公尺見方的巨大建築基礎。地基共有13層夯土層，宮殿建築都是建構在此之上。此前，由於並沒有相關的文獻記載可供研究，現在藉由考古發掘，則可明顯看到紫禁城的地基是一層土、一層磚逐層夯出來的，結構扎實，可說是牢不可破。土也是一層一層，黃膠泥質地甚純，磚裡則混合琉璃瓦及極少數的瓷片，留下了斷代的證據。
北京故宮2013年成立了故宮研究院考古研究所，成立以來首次對於故宮城牆現代地面以下部分進行發掘，釐清了生土之上城牆地基、牆礎及牆體的完整結構；在多處建築群範圍內發現地上建築之下，年代明確、布局特殊的早期建築遺址；在該院內還發現並發掘一處御窯瓷器的集中埋藏坑，增補了宮內廢舊瓷器管理制度的研究資料；更是首次將故宮視為整體，將各處考古發現的同時期夯土建築基礎進行科學記錄，為研究故宮建築群創建初期的情況提供第一手材料。
